已找到答案：
cmds := []string{
“mkdir -p %[1]s/conf”,
find %[1]s/conf -type f -name "*.rules.yml" -delete,
find %[1]s/bin/prometheus -maxdepth 1 -type f -name "*.rules.yml" -exec cp {} %[1]s/conf/ \;,
find %[1]s/conf -maxdepth 1 -type f -name "*.rules.yml" -exec sed -i -e 's/ENV_LABELS_ENV/%[2]s/g' {} \;,
}
看了代码，只要集群的bin/prometheus目录下的rules文件拷贝走，另外在edit-config中添加monitor-servers部分的rule_dir添加自己的rules目录，就能只用自己的rules。
另外，升级版本之后应该要再做一次。