高并发【批量on duplicate key update】时：AUTO_RANDOM(5) 生成重复

UNIQUE KEY uk_store_id_visit_date_visit_hr (store_id ,visit_date_hour ,index_dt )

有没有可能是唯一键冲突了导致没有插入成功，而不是主键？就目前来说，要佐证你的怀疑，需要进一步排除唯一键影响。