解决这个问题需要确保 TiUP 工具能够正确读取这些配置文件，并将配置应用到 TiDB 实例。以下是一些可能的解决方案：
确保 TiUP 工具有足够的权限读取 /etc/security/limits.d/ 和 /etc/sysctl.d/ 目录下的文件。可以使用 ls -l 命令检查文件的权限和所有者。确保 TiUP 工具运行时具有足够的权限。
确保 TiUP 工具能够访问 /etc/security/limits.d/ 和 /etc/sysctl.d/ 目录。有时，TiUP 工具运行在一个受限制的环境中，可能无法访问某些目录。可以尝试在 TiUP 工具运行的上下文中手动访问这些目录，看是否会出现权限问题。
确保配置文件的格式正确，特别是文件名和内容。TiUP 工具可能只能读取特定格式的配置文件。可以检查文件的语法和格式是否正确。
确保配置文件中的配置项适用于 TiDB 进程。有时，配置文件中的配置项可能会被其他进程忽略或覆盖。确保配置项对 TiDB 进程生效。
可以尝试将这些资源限制和内核行为配置写入 TiDB 启动脚本中，确保 TiDB 进程在启动时能够正确应用这些配置。