一个节点的虚拟机因为某些原因被删掉了，现在无法用缩容的方式把这个永久消失的节点删掉。

我想你可能需要试试强制缩容:
tiup cluster scale-in -N --force

https://docs.pingcap.com/zh/tidb/stable/tiup-component-cluster-scale-in#选项

不过假如你默认使用3副本，强制所容也有可能一直是pending offline。最好是先扩容恢复3节点，再强制缩容这个被物理删除的节点。