看起来 table-column-count-limit 这个参数是 tidb-server 本地的配置（而非 GLOBAL VARIABLE 一类的），同时这个检查看起来并不是在 DDL owner 上做的（看堆栈是 BR 的）。
BR 进程内嵌了一个 tidb-server 来执行 DDL 相关操作，但是目前这个 server 的配置并不会和其他 server 同步（而且大概也没啥好办法同步，我猜的），所以在其他 TiDB 节点上增加 table-column-count-limit 并不能解决这个问题。
作为 workaround，可以考虑一下提前将你需要的表通过修改过 table-column-count-limit 的 TiDB 节点建好，这样 BR 就不会尝试建这张表，应该也就不会报错了。